No início dos anos 2000, Ney Franco esteve na base do Cruzeiro, e também chegou a ser técnico interino do clube em três períodos. A primeira veio em 2002, sua primeira experiência em um time profissional. Foi apenas um jogo, contra o Palmeiras, pelo Brasileirão, entre a saída de Marco Aurélio e a chegada de Vanderlei Luxemburgo. Depois foram mais duas vezes, uma quando Emerson Leão caiu — foram dois jogos, até a contratação de Marco Aurélio — e outra nas cinco rodadas finais do Brasileirão, quando a Raposa não possuía mais chances de brigar por título ou por vaga na Libertadores, e já estava livre do rebaixamento.
No total, como interino, Ney Franco comandou a Raposa em oito jogos, conquistando duas vitórias, dois empates e quatro derrotas.
Só que a partir de 2005, a história de Ney Franco começou a se distanciar do Cruzeiro. Cedido ao projeto do Ipatinga, parceiro da Raposa, ele faturou o título estadual em cima do time celeste. No ano seguinte, em 2006, voltou a encarar o Cruzeiro na decisão do Estadual, mas dessa vez foi derrotado. Mesmo assim, o ano foi de glória para o comandante mineiro, que foi parar no Flamengo e conquistou a Copa do Brasil pelo rubro-negro.
Em 2012, Ney Franco esteve na lista de Gilvan de Pinho Tavares para assumir o Cruzeiro na temporada seguinte. Mas o cargo acabou ficando posteriormente com Marcelo Oliveira e a história de sucesso daquele time celeste é conhecida por todos. Naquele ano, ele conquistou a Sul-Americana pelo São Paulo, sendo o último comandante a levantar uma taça pelo Tricolor desde então. Em 2013, o Cruzeiro conquistou o tricampeonato brasileiro com Oliveira no comando derrotando justamente o Vitória de Ney Franco, dentro do Barradão, por 3 a 1.
De 2014 para cá, Ney Franco teve até um ano sabático, que foi 2016, quando morou nos Estados Unidos. O trabalho mais eficiente do técnico aconteceu em 2018, quando subiu com o Goiás. Mas dias após a confirmação do acesso apontou que não seguiria no clube para priorizar projetos pessoais. Ele chegou a passar pela Chape no ano seguinte, e ainda em 2019 reassumiu o Goiás onde permaneceu até agosto, quando foi demitido.
Nascido em Vargem Alegre, Ney Franco permaneceu na base do Cruzeiro por 11 anos.
Os jogos de Ney Franco à frente do Cruzeiro como interino:
14/08/2002 – Cruzeiro 1 x 1 Palmeiras (Campeonato Brasileiro)
31/07/2004 – Fluminense 0 x 0 Cruzeiro (Campeonato Brasileiro)
05/08/2004 – Cruzeiro 2 x 0 Internacional (Campeonato Brasileiro)
21/11/2004 – Cruzeiro 0 x 1 Corinthians (Campeonato Brasileiro)
27/11/2004 – Cruzeiro 2 x 3 Fluminense (Campeonato Brasileiro)
05/12/2004 – Internacional 2 x 0 Cruzeiro (Campeonato Brasileiro)
12/12/2004 – Cruzeiro 4 x 0 Vitória (Campeonato Brasileiro)
19/12/2004 – Flamengo 6 x 2 Cruzeiro (Campeonato Brasileiro)
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